在食用菌菌种生产和使用过程中，常听到菌种退化的抱怨，退化是品种理想形状丧失，这种退化虽然有时可以通过菌种外观或子实体形态变化来观察，但更多地表现为生长缓慢、抗性变弱、子实体形成推迟等，这种变化只有通过栽培才能观察。正因为如此，菌种生产者承担的风险是巨大的。
从一般生物学的意义上，细胞分裂周期越短，生长越快，遗传的变异也越快。作为菌种使用的食用菌菌丝体，其细胞生长和分裂较普通绿色植物要快的多，日本的相关研究表明，食用菌的菌丝细胞突变率高达1/167。因此，要想较长时间低保持优良品种的理想形状，使用过程中尽量减少其细胞生长和分裂次数应该是科学的选择。在发达国家，育种者将优良品种菌种 置于液氮中超低温保藏，目的在于停止生物代谢，截断变异发生的途径。
一、菌种保藏
保藏需要精良的专业设备和条件，需要专门的技术方法和专业的技术人员。菌种保藏的目的在于：1在较长时间内保持菌种的生存；2保持菌种形态、遗传、生理等性状的稳定；3保持其纯培养状态，免受其他生物的侵染。作为食用菌商业品种，菌种保藏的最主要目的在于保持其优良的农艺性状。
作为商业栽培使用的食用菌品种，保藏的都是菌丝体，而非但孢子或无性孢子。菌种保藏的方法很多，常用的有继代培养低温保藏、液体石蜡覆盖保藏、蒸馏水覆盖低温保藏、超低温冰箱保藏和液氮超低温冻结保藏。各种方法都有各自的优缺点，这里仅作简单的介绍。
1、继代培养低温保藏（斜面低温保藏）
这是食用菌菌种工作者普遍采用的方法，优点是应用仪器设备简单，操作方便、简单易行。最大的问题在于菌种退化快，较长时间保藏后常出现菌丝生长缓慢，甚至不能生长的现象，有的种类形成色素，如黑木耳、香菇，菌落形态也常发生变化。
2、液体石蜡覆盖保藏
将无菌的液体石蜡覆盖于菌种斜面表面，隔绝菌种的氧气供应，以控制生长，减缓老化，减少变异。实践表明，这一方法对木腐菌保藏效果较好，如有的香菇品种保藏10年出菇正常，有的金针菇品种保藏16年后仍能正常出菇。而草腐菌液体石蜡保藏效果较差，转接时，菌丝常不能正常萌发，大量分泌色素，甚至死亡，保藏2年后，草菇菌丝常出现之字形生长，彼此缠绕，不能出菇。即使是木腐菌，有的也常出现大量分泌色素，发生角变。菌丝变稀弱，生长不正常等问题。
3、蒸馏水覆盖低温保藏
这一方法常被用作菌种的短期保藏，一年左右需要继代培养一次。
4超低温冰箱保藏
这一方法需要超低温冰箱，温度控制在-76——-80℃，可以长期保藏。
5液氮超低温冻结保藏这一方法将菌种置于保护剂中，经程序降温至-90℃后，将菌种置于液氮容器中长期保藏。理论上液氮保藏期限为1800年。这一方法需要液氮罐和程控降温仪等较昂贵的设备设施，在菌种的保藏期需要定期加氮，因此需要稳定的财政支持，一旦液氮耗尽，菌种将全部死亡。该方法最大优点在于被保藏菌种能长时间的稳定。我国双孢菇优良品种推广使用近30年，液氮保藏起着重要作用。不论从理论上，还是实践上，都表明液氮是食用菌菌种保藏最好的技术和方法。为了配合《食用菌菌种管理办法》的实施，规范我国食用菌菌种，国家专门建设了国家食用菌菌种标准菌株库，专门保藏食用菌登记和认定品种。该菌株库设在中国农业科学院农业资源与农业区划研究所（地址：北京海淀区中关村南大街12号，邮编：100081）
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