菌种是影响食用菌生产中产品质量和产量的关键因素。优良菌种的选用对产业的发展起着重要的作用。由于我国食用菌菌种尚未建立登记制度，种源的来源渠道很多，编制菌种菌号也没有统一规格，对种性的测试还没有规范化，所以大多数食药用菌的菌种出现不少同一菌种而不同编号或同一编号而实为不同菌种的现象，致使劣质，退化的菌种流入市场，造成严重的经济损失和资源浪费，影响产业发展，极大的损害了育种者和广大菇农的利益，加速了生产菌种退化的程度。因此，菌种鉴定师一项保护育种者权益和生产者利益的基础工作，在目前我国还没有建立系统完善的品种登记制度的情况下，建立科学可靠，快速简单的菌种鉴定体系，从而在技术上解决菌种混乱状况就显得极为重要。菌种的鉴定主要包括对未知菌种的确认、已知菌种质量优劣的鉴定。
  菌种的质量，对食用菌的产量和质量影响极大。因此，在培育菌种时，要认真对待，严格把关，选用优良菌株，逐级扩大。在投入生产之前，必须进行菌种质量的鉴定，并通过小面积的栽培试验，证明是优良菌种后，再推广使用。显微镜观测法是制种单位最常用的鉴定法之一，现将该方法介绍如下：

      菌丝体进行显微观察内容有菌丝的形态结构、锁状联合现象，孢子的形状、大小、表面特征等，并且确定菌丝粗细分枝、隔膜、锁状联合等特征是否均一，是否与该栽培品种的典型特征一致。正常的菌丝一般具有透明、分枝状、有横膜和明显的锁状联合。异宗结合的食用菌，如仅有单核菌丝，不具结实性，不易作菌种用。双核菌丝中，锁状联合多而密，则结菇力强，一般可认为是最好菌种。具有不同形态的菌丝体存在于同一菌种中，表明该菌种存在质量问题。
    显微镜观察方法是在载玻片上滴一滴蒸馏水，然后挑取少许菌丝置于水滴上，让菌丝体充分展开，盖好盖玻片，再置显微镜下观察。也可通过菌丝体染色后镜检观察。对于经验丰富的实验人员，通过显微镜观察，还能够判断菌种是否污染杂菌，并对污染杂菌进行分类。
    3、菌丝吃料能力
    将菌种接入培养料上，置25℃条件下培养，5天后观察菌丝体生长情况。如果菌种块能很快萌发，并迅速向培养料中生长伸展，则说明该品种吃料能力强，分解培养料的能力较强，可用于扩大繁殖；如果菌种萌发后生长缓慢，迟迟不向四周和料层伸展，则表明该品种对培养料的适应能力差，分解养料的能力也较弱，是劣质菌种，应慎重使用。
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