食用菌在生长、发育或运输、储藏过程中，因为遭受病原生物或虫类的侵害，或受到不良环境因素的影响，引起外部形态或内部构造、生理机能等发生异常的变化，严重时引起菌丝体和子实体的死亡，其结果使食用菌产量降低，品质变差，甚至导致栽培失败。
   按照食用菌病害的发生的原因，食用菌病害分为两大类：传染性病害和非传染性病害。
（一）传染性病害
   传染性病害又叫侵染性病害或病原病害，是由各种病原生物侵害食用菌引起的。这些病原生物包括真菌、细菌、病毒和线虫等。病原生物引起的病害是可传染的，也就是说病害的发生往往是由少到多，由点到面，具有明显的扩张蔓延特性。按照病原体危害方式，传染性病害可分为三大类：寄生性病害、竞争性病害、寄生性兼竞争性病害。
1、寄生性病害
  此类病害的主要特征是病原生物直接从寄主的菌丝体或子实体内吸取养分，使寄主正常的代谢受到阻碍，从而引起食用菌的产量或品质下降；或者是病原物分泌某种对寄主有害的物质，杀死或杀伤寄主，同时吸收寄主的养分。食用菌病毒是纯寄生性病害。
2、竞争性病害
  食用菌的竞争性病害类似于农作物的杂草为害，通常是这类病原菌称为杂菌。其特点是病原菌生长在培养料上，与食用菌争夺营养和生存空间，从而导致食用菌的产量或品质下降。此类病原菌包括真菌和细菌量大类，但主要是真菌类。
3、寄生性兼竞争性病害
   这类病原菌既能在培养基上与食用菌争夺养分和生存空间，影响食用菌的生长发育，又能直接从寄主的菌丝体或子实体内吸取养分，使寄主无法进行正常的代谢活动。木霉引起多重食用菌病害是寄生性兼竞争性病害的典型例子。
（二）非传染性病害
   食用菌正常的生长发育需要一定的环境条件，在不同的发育阶段，食用菌对环境条件有一定的质和量的要求。当环境条件中某些因子的变化超过食用菌所能适应的范围时，食用菌的正常生理活动就会受阻碍，甚至遭到破坏而产生病害。凡是不属于生物范畴的，一般称之为非传染性病害或非侵染性病害。此类病害没有传染性，一般是属于生理性的，所以也称为生理病害。
   常见的食用菌非传染性病害有如下几类：营养物质缺乏或比例不当，培养料含水量过高或过低，PH值过小或过大，空气相对湿度多高或过低，光线过强或过热，有害化学物质（CO2、SO2、H2S等）浓度过高或农药、生长调节物质使用不当、高温、冻害等。非传染性病害最常见的症状是菌丝生长不良，子实体畸形或萎缩。
（三）虫害
   危害食用菌的害虫种类很多，生物习性也较复杂。其中，危害最严重的主要是鳞翅目（食丝谷蛾）、双翅目（眼菌蚊）、弹尾目（跳虫）、缨翅目中的一些害虫，此外，鼠、兔、线虫、螨类等，也能要食食用菌的菌丝或子实体，同属于食用菌的有害动物。